В общем, вот.
Past Perfect - действие не длительное, а короткое, оно было в прошлом и произошло до того, как случилось иное действие.
Разберём хоть на этом же примере:
I called Jim too late, he had already left.
Смотри, я позвонил Джиму, но он что сделал? Уже ушёл. То есть это было не длительное действие, в отличие от continuous, а кратковременное, совершённое быстро. Кроме того, есть определённые слова, характерные только для Past Perfect, такие как already и парочка других.
Pasr Perfect Continuous - это длительные действия, совершавшиеся на протяжении достаточно большого промежутка времени, которые, однако, уже закончились к определённому моменту/событию в прошлом.
Соответственно, в русском языке к нему будет относиться вопрос "что делал?". Чаще всего это время не имеет точного указания даты, когда закончилось действие, а только обстоятельства, при которых оно завершилось.
We had been working hard and managed to finish the project in time.
Вот здесь, например. Мы работали обозначает длительное действие, которое произошло не мгновенно, если утрировать, а тянулось какой-то отрезок времени.
Собственно, эти они отличаются. Perfect - действие кратковременное, окончившееся к какому-то моменту прошло. Perfеct Cont. - длительное действие, продолжавшееся до определённого момента/события.

Знаю, я очень плохо объясняю.хд